食品微生物检测中一般会检以下几项：
菌落总数
危害：食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
大肠菌群
危害：
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示有被致病菌（如沙门氏菌、致病性大肠埃希氏菌）污染的可能性。大肠菌群超标有可能会导致肠道外感染、急性腹泻等。
霉菌
危害：霉菌可引起食物霉变，还会刺激人体消化道、胃部等，严重的还可损伤肝脏，造成食物中毒。
沙门氏菌
危害：沙门氏菌感染最常见的症状是胃肠炎，如呕吐、腹泻、腹痛，常见潜伏期为12-36小时，病程一般2-3天，重者可引起脱水、休克，部分患者可发展为败血症。
金黄色葡萄球菌
危害：摄入含有金黄色葡萄球菌肠毒素的食物后30分钟至8小时内，会出现恶心、剧烈呕吐、腹痛、腹泻等急性胃肠炎症状。
